Jupyter/Colab における pyplot リアルタイム描画

強化学習の様子を visualize するために pyplot でグラフをリアルタイム描画していたが遅くて筋が悪いのでやめた。inline で表示すると plot 数が増えると極端に遅くなりボトルネックになる。inline リアルタイム描画をやめて、画像ファイルとして出力して inline 表示も試したが同様。もともと気軽に見られるようにとの意図だったが完全に裏目に出ているのでやめる。tensorboard のように log からグラフ描画のほうが筋が良さそう。

強化学習/RL/Reinforcement Learning のデバッグ方法

RL のデバッグは難しい。RLアルゴリズムの選択、適切な reward の設定、Deep RLの場合モデルの選定、実装の正しさ、適切なパラメータ、そもそも学習できる問題なのか。切り分けが難しい。世の中には同じように思っている人がたくさんいるようだ。情報元から適当にまとめる。

情報元

チェックリスト

  • 低次元の state をもつシンプルな environment で問題をかんたんにする
  • reward を simple にしてみる。すぐに効く形の feedback も良い。
  • random policy に解かせてみる。random でも時々問題を解けそうなら有望。
  • 自分の目で observation を見て、自分でも解けるか確認
  • Observation mean 0 std 1 に scaling する
  • Reward も可能なら scale する
  • Observation/Reward に outlier がいないことを確認する
  • 動くかな。やってみよう。はうまくいかない。たくさんのことを正しくやらないと学習は進まない。
  • agent を正しく実装することがとても重要。他のコードよりもテストが大事。
    • 可能な限り unit tests を書く
    • ありとあらゆる場所に asserts を。matrix dimension, input, output, action の range
  • 長い時間実行する前に、1行1行目を皿にしてコードを読む。
  • 可能な限り見える化、すべてを log する
  • いくつかの states をピックアップして q-value を見てみる。徐々に変わって stablize されるはず。
  • すべての input/output/state を記録する
  • Neural Net がからむと 10 倍難しくなる。最初は Neural Net でやらず。うまく動いたら swap する
  • seed を固定する
  • optimizer の選択にsensitiveなので注意
  • すべてを normalize せよ
  • 良い結果が出ているものは100-1000 の reward 使ってる
  • 参照実装が使っている hyper parameters 使う
  • 大きい replay buffer, bigger batch size
  • 常に simple version から試して動くことを確認
  • そもそも agent はときどき正しいことをやっているの?
  • DQN は収束がおそいよ

RL での batch size

Reinforcement LearningWelcome to Spinning Up in Deep RL! — Spinning Up documentation で勉強しながら実装している。とある実装で batch size = 5000 となっていて「値が大きすぎる」と思い、何気なく小さな値に変更した。それをすっかり忘れて試行錯誤しているうちに policy gradient (logprob) が 0.0 になってしまい学習が進まない減少に悩まされた。ログを見て、よくよく考えてみたら logprob が 0 ってことは選択された action の確率が 1 ってことだ。つまり policy はどんな状態でも1つのアクションしか取りようがない状態をモデルが学習してしまっていた。さらに観察すると、これはある episode で agent が右に移動し続けただけで大きな報酬を得てしまったのを学習したのだとわかった。batch size が小さかったせいでこれが大きく聞きすぎてしまったようだ。

OpenAI Gym の MountainCar が難しいという話

Vanilla Policy Gradient を勉強・実装している。CartPole はうまく学習できるのに MountainCar の学習が進まない reward -200 であり続けるという減少にハマった。RL のデバッグは本当に難しく、観察してもよくわからなかった。検索してみるとまさに同じ減少で困っている人が解決方法を紹介していてくれた。結論だけ書くと official env の reward が厳しすぎるので独自の reward を定義しようというものであった。納得。あとから見返してみれば明白なのだが気づけなかった。

Solving Curious case of MountainCar reward problem using OpenAI Gym, Keras, TensorFlow in Python – A Software Engineer's Journal

Colab + PyTorch Lightning + Comet ML + Bert

Colab + PyTorch Lightning + Comet ML - higepon blog の続き。

目標

Tensorflow 2.0 コンペで自分が書いた training のコードを Colab + PyTorch Lightning + CometML に移植する。移植したことでメリットがあるかを検証する。

Google Drive の利用とその失敗

Colab を利用すると 12時間毎にマシンがリセットされる。つまり巨大な kaggle の dataset や生成物が全て消えてしまう。生成物の例としては train/valid split したものとか modelを save したものとか。これらを毎回生成するのは無駄なので Google Drive 上に置いておく。これをダウンロードすれば良い。というコードを書いたのだがうまく行かなかった。生成にかかる時間はほほゼロになったが Google Drive から生成物をダウンロードする時間が支配的になってしまった。ボツ。

移植

transformers Bert のモデルを TF2.0 で使ったモデルにする。

import torch
from transformers import (
    BertModel,
    BertTokenizer
)

bert_model_name = 'bert-large-uncased-whole-word-masking-finetuned-squad'
tokenizer = BertTokenizer.from_pretrained(bert_model_name)
bert = BertModel.from_pretrained(bert_model_name)

次に LightningModule の Optional な callback をコメントアウトする。validation_step, validation_end, test_step, test_end は Optional である。 forward と training_step を埋めてこんな感じになった。batch が dataloader の返すものかな。

    def training_step(self, batch, batch_nb):
        # batch
        input_ids, attention_mask, token_type_ids, no_answers, y_batch = batch
         
        # fwd
        y_hat = self.forward(input_ids, attention_mask, token_type_ids)
        
        # loss
        loss = loss_fn(y_hat, y_batch, no_answers)
        
        # logs
        tensorboard_logs = {'train_loss': loss}
        experiment.log_metric('train_loss', loss.detach().cpu().numpy(), step=self.global_step, epoch=self.current_epoch, include_context=True)
        return {'loss': loss, 'log': tensorboard_logs}

謎の CUDA エラー

データローダーの実装が終わり end to end で動かしてみると以下のエラー。

RuntimeError: CUDA error: device-side assert triggered

付加情報がない。普通の PyTorch NN なら同じモデルを CPU で動かすと詳細なエラーが分かるのだが transformer Bert はどこかで GPU 前提っぽい。と思ったが CPU 上で動かせた。num_classes が 5 であるべきところが別の config file が使われて 2 になっていた。これが cross entropy loss を計算するところでこけてた。

CUDA error: device-side assert triggered

CUDA error: device-side assert triggered のデバッグで苦労した。結論からいうと CUDA error は本当にデバッグが難しい。同じモデルを GPU ではなくて CPU 上で動かせば、もっと親切なエラーメッセージが見られる。CPU で再現しない場合は CUDA_LAUNCH_BLOCKING=1 をセットすること。

Colab + PyTorch Lightning + Comet ML

背景

Kaggle の上位ランカーが PyTorch Lightning について言及していたの試してみる。同様に Comet ML も。Kaggle の試行錯誤を Colab (or Colab Pro) に移行できるかもあわせて検討する。

ToDO

以下淡々と ToDOをこなしていきメモを残す。

Lightning 基礎

  • Lightning の transformers example を Colab 単体で動かす。
  • 上記の dataloader を少ないデータに改造 end to end で素早く回せるようにする。

Lightning training resume

Checkpointing によると2つ方法がある。

1つめ

Trainer の resume_from_checkpoint 引数で checkpoint のパスを指定する。

resume = False
if resume:
  trainer = pl.Trainer(gpus=1,
                                    max_epochs=4,
                                    resume_from_checkpoint='lightning_logs/version_0/checkpoints/_ckpt_epoch_1.ckpt')  
else:
  !rm -rf lightning_logs/  
  trainer = pl.Trainer(gpus=1, max_epochs=2)

trainer.fit(bert_finetuner) 

まず最初の training 時には以下のようなログ。

Epoch 1: 100%|██████████| 4/4 [00:01<00:00,  2.22batch/s, avg_val_acc=0.2, batch_idx=2, gpu=0, loss=1.138, v_num=0, val_loss=1.12]
Epoch 2: 100%|██████████| 4/4 [00:29<00:00,  7.26s/batch, avg_val_acc=0.2, batch_idx=2, gpu=0, loss=1.084, v_num=0, val_loss=1.08]

次に resume すると

Epoch 2: 100%|██████████| 4/4 [00:01<00:00,  2.22batch/s, avg_val_acc=0.6, batch_idx=2, gpu=0, loss=0.992, v_num=1, val_loss=0.916]
Epoch 3: 100%|██████████| 4/4 [00:01<00:00,  2.34batch/s, avg_val_acc=0.6, batch_idx=2, gpu=0, loss=0.952, v_num=1, val_loss=0.844]
Epoch 4: 100%|██████████| 4/4 [00:05<00:00,  1.14s/batch, avg_val_acc=0.8, batch_idx=2, gpu=0, loss=0.911, v_num=1, val_loss=0.751]
Epoch 5: 100%|██████████| 4/4 [00:31<00:00,  7.86s/batch, avg_val_acc=1, batch_idx=2, gpu=0, loss=0.865, v_num=1, val_loss=0.659]

training をresumeできる。ただし Epoch 2 を2回やっているように見える。注意しないといけないのは dataloader は state が resume されるわけではないこと。なので shuffle 前提であるとどこかに書いてあった。

2つめ

experiment version 番号を使う方法。experiment version については、pytorch_lightning.loggers.tensorboard moduleの version 引数に説明がある。version は上記のversion_0 とか version_1 が自動で割り振られるをやめて特定の物を指定する。

コードは

from pytorch_lightning.logging.tensorboard import TensorBoardLogger
bert_finetuner = BertMNLIFinetuner()

resume = False # True

logger = TensorBoardLogger(save_dir='experiments', version=10)
if resume:
  trainer = pl.Trainer(gpus=1, max_epochs=5, logger=logger)
else:
  !rm -rf default/version_10/  
  trainer = pl.Trainer(gpus=1, max_epochs=2, logger=logger)
trainer.fit(bert_finetuner) 

Train 開始。

Epoch 1: 100%|██████████| 4/4 [00:02<00:00,  1.49batch/s, avg_val_acc=0, batch_idx=2, gpu=0, loss=1.122, v_num=10, val_loss=1.26]
Epoch 2: 100%|██████████| 4/4 [00:29<00:00,  7.35s/batch, avg_val_acc=0.2, batch_idx=2, gpu=0, loss=1.032, v_num=10, val_loss=1.18]

Train resume。

INFO:root:model and trainer restored from checkpoint: /content/default/version_10/checkpoints/_ckpt_epoch_1.ckpt
Epoch 2: 100%|██████████| 4/4 [00:01<00:00,  1.54batch/s, avg_val_acc=1, batch_idx=2, gpu=0, loss=0.844, v_num=10, val_loss=0.56]
Epoch 3:  75%|███████▌  | 3/4 [00:01<00:00,  1.54batch/s, avg_val_acc=1, batch_idx=2, gpu=0, loss=0.767, v_num=10, val_loss=0.56]
Epoch 3: 100%|██████████| 4/4 [00:02<00:00,  1.54batch/s, avg_val_acc=1, batch_idx=2, gpu=0, loss=0.767, v_num=10, val_loss=0.446]
Epoch 4: 100%|██████████| 4/4 [00:05<00:00,  1.54batch/s, avg_val_acc=1, batch_idx=2, gpu=0, loss=0.696, v_num=10, val_loss=0.356]
Epoch 5: 100%|██████████| 4/4 [00:31<00:00,  7.81s/batch, avg_val_acc=1, batch_idx=2, gpu=0, loss=0.619, v_num=10, val_loss=0.287]

こちらの方法が自動的に新しい version が振られることなく自然で使いやすいと思う。

Google Drive への保存

Colab はいつセッションが切れるか分からないので Google Drive に保存する。以下のようなコードで Google Drive がマウントされていない場合のみにマウント処理。

from google.colab import drive
from pathlib import Path

def mount_drive_if_necessary():
    drive_path = Path('/content/drive')
    if not drive_path.exists():
      drive.mount(str(drive_path))

mount_drive_if_necessary()

train のコードは

from pytorch_lightning.logging.tensorboard import TensorBoardLogger
bert_finetuner = BertMNLIFinetuner()

resume = True

save_root_path = Path('/content/drive/My Drive/kaggle/tf2.0')
logger = TensorBoardLogger(save_dir= save_root_path / 'logs', version=10, name='simple_bert')
if resume:
  trainer = pl.Trainer(gpus=1, max_epochs=5, logger=logger, default_save_path=save_root_path)
else:
  !rm -rf default/version_10/  
  trainer = pl.Trainer(gpus=1, max_epochs=2, logger=logger, default_save_path=save_root_path)

trainer.fit(bert_finetuner) 

実際の check points と log は以下のように保存される。

/content/drive/My Drive/kaggle/tf2.0
/content/drive/My Drive/kaggle/tf2.0/logs
/content/drive/My Drive/kaggle/tf2.0/logs/simple_bert
/content/drive/My Drive/kaggle/tf2.0/logs/simple_bert/version_10
/content/drive/My Drive/kaggle/tf2.0/logs/simple_bert/version_10/events.out.tfevents.1582691888.8883d33e5953.1505.0
/content/drive/My Drive/kaggle/tf2.0/logs/simple_bert/version_10/meta_tags.csv
/content/drive/My Drive/kaggle/tf2.0/logs/simple_bert/version_10/events.out.tfevents.1582692040.8883d33e5953.1505.1
/content/drive/My Drive/kaggle/tf2.0/simple_bert
/content/drive/My Drive/kaggle/tf2.0/simple_bert/version_10
/content/drive/My Drive/kaggle/tf2.0/simple_bert/version_10/checkpoints
/content/drive/My Drive/kaggle/tf2.0/simple_bert/version_10/checkpoints/_ckpt_epoch_1.ckpt
/content/drive/My Drive/kaggle/tf2.0/simple_bert/version_10/checkpoints/_ckpt_epoch_4.ckpt

ハイパーパラメータを checkpoint と同時に保存する

以下のような警告が出ているので調べる。

UserWarning: Did not find hyperparameters at model.hparams. Saving checkpoint without hyperparameters
  "Did not find hyperparameters at model.hparams. Saving checkpoint without"

hparams が checkpoint と一緒に保存されてうれしいのは load_from_checkpoint で load するとき。Trainer 経由で resume するときはその限りではない気がする。 ちなみに hparams はモデルで

class BertMNLIFinetuner(pl.LightningModule):

    def __init__(self, hparams):
        super(BertMNLIFinetuner, self).__init__()
        
        self.bert = bert
        self.W = nn.Linear(bert.config.hidden_size, 3)
        self.num_classes = 3
        self.hparams = hparams
        self.learning_rate = hparams.learning_rate

...snip...
hparams = Namespace(**{'learning_rate': 2e-05})

bert_finetuner = BertMNLIFinetuner(hparams)

こうすることで hparams が別ファイルとして保存される。

! cat tf2.0/logs/simple_bert/version_10/meta_tags.csv
key,value
learning_rate,2e-05

この hparams と comet.ml などの連携も調べなければいけない。

Comet ML

以下のように Trainer に CometLogger を渡せばOK。オフラインモードはインターネット接続がない環境向けなので使わない。

comet_logger = CometLogger(
    api_key='',
    workspace='higepon',
    project_name="simple-bert-test", # Optional
    experiment_name="my_experiment_name_long7",
    rest_api_key = '')

trainer = pl.Trainer(gpus=1, max_epochs=30, logger=comet_logger, default_save_path=save_root_path)

Code タブ

各 Experiment ごとにソースコードを紐付けることができる。そうすれば各バージョンごとに Diff がとれるようになる。Colab の場合以下のようにソースコードを Comet に送る。

code = ''
for cell_in in In:
  code += cell_in + '\n'

comet_logger.experiment.set_code(code)

f:id:higepon:20200227154801p:plain

Metrics を追加する

デフォルトでは train loss しか Comet で見ることができない。自分の場合は val loss も欲しかったので以下のようにした。

    def validation_end(self, outputs):
        avg_loss = torch.stack([x['val_loss'] for x in outputs]).mean()
        avg_val_acc = torch.stack([x['val_acc'] for x in outputs]).mean()

        tensorboard_logs = {'val_loss': avg_loss, 'avg_val_acc': avg_val_acc}
        self.logger.experiment.log_metric('val_loss', avg_loss.detach().cpu().numpy(), step=self.global_step, epoch=self.current_epoch, include_context=True)
        return {'avg_val_loss': avg_loss, 'progress_bar': tensorboard_logs}

training の resume

CometLogger は training の resume に対応していないことがわかった(pytorch-lightning/comet.py)。というか TensorboardLogger が resume に対応しているのだね。つまり Lightning と Comet を同時に使いたいなら CometLogger 経由ではなく Comet API を直接叩くのが良さそう。

存在する experiment に追記できてる?

Experiment Overview - Comet.ml よると experiment.get_key(self) を利用して ExistingExperiment を作れる。実際に試してみたらうまく行った。

if resume:
   experiment = comet_ml.ExistingExperiment(api_key='',
                                            previous_experiment=experiment_key,
                                      project_name="simple-bert-test",
                                      workspace='higepon',
                                      ) 
else:
  experiment = comet_ml.Experiment(api_key='',
                                      project_name="simple-bert-test",
                                      workspace='higepon',
                                      )

apex amp を有効にする

Trainer に use_amp=True を渡す。Colab で環境を整えるのはちょっと面倒。

try:
  from apex import amp
except ImportError:
  !pip install https://download.pytorch.org/whl/cu100/torch-1.2.0-cp36-cp36m-manylinux1_x86_64.whl
  !pip install https://download.pytorch.org/whl/cu100/torchvision-0.4.0-cp36-cp36m-manylinux1_x86_64.whl    
  !git clone https://github.com/NVIDIA/apex
  !cd apex;pip3 install -v --no-cache-dir --global-option="--cpp_ext" --global-option="--cuda_ext" .

! pip -q install pytorch-lightning==0.6.0
! pip -q install transformers==2.1.1
! pip -q install comet_ml

続きます。